Для управления фильтрами в умном фильтре каталога, перейдите по пути

Рабочий стол > Магазин > Каталоги товаров > {Основной каталог товаров} > Свойства товаров

Найдите необходимое свойство в списке и откройте на редактирование (вызовите контекстное меню три полоски , пункт изменить)

В настройках найдите пункт “показывать в умном фильтре” и установите галочку если свойство должно быть в фильтре, и уберите если нужно убрать