В Debian включена утилита unattended-upgrade, которая устанавливает критичные обновления системы. Конфиг /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades

При обновлении версии mariadb конфиг файлы не перезаписываются. Но так же не меняется версия mariadb в файле юнита /etc/systemd/system/mariadb.service
Требуется ручная корректировка, т.к версия в ISPManager не совпадает с фактической.